Calcul parallèle avec les ressources du Mésocentre MCIA

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•   Statistiques et calcul scientifique
•    Khodor KHADRA
•    Annick JOUSSET

Objectifs

VOUS TROUVEREZ VIA LE LIEN CI-APRES LE QUESTIONNAIRE A RETOURNER AU MOMENT DE L'INSCRIPTION AVANT LE 2 OCTOBRE A : adeline.doxaran@u-bordeaux.fr

Questionnaire à télécharger

Face à la complexité des applications scientifiques qui consomment, en matière de calcul, beaucoup de ressources en temps et en mémoire (en particulier en 3D), paralléliser un logiciel de calcul devient essentiel voire nécessaire. La recrudescence des moyens de calcul à architecture parallèle, avec des centaines, voire des milliers de coeurs de calcul en est la preuve concrète.

Public

Cette formation s'adresse à tout public : celui qui souhaite s’initier au calcul parallèle, et celui qui désire approfondir des notions. Le cours et les travaux pratiques démarreront à partir d’un niveau d’initiation en complexifiant au fur et à mesure les notions.

Pré-requis

- Vous devez retourner le questionnaire qui se trouve dans la partie "Objectif" au moment de l'inscription - Etre équipé d'un ordinateur portable permettant de se connecter avec le réseau wifi Reaumur ou Eduroam. - Avoir un compte valide au Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain (MCIA) et se connecter aux ressources du MCIA . Vous trouverez un guide d’utilisateur à l’URL : https://redmine.mcia.fr/projects/cluster-curta/wiki/Guide_de_l'utilisateur - Maîtriser un éditeur de texte (vi, emacs, …) - Avoir des bases de programmation et de compilation quel que soit le langage (Fortran, C, C++, Python)

Programme

1) Les travaux pratiques sur le calcul parallèle s’effectueront sur les machines du Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain (MCIA) qui est hébergé dans le campus universitaire. Par conséquent, le début de cette formation sera consacrée à l’utilisation des machines, compilateurs, logiciels, bibliothèques de calcul, au mode de soumission des jobs de calcul, etc.

2) Calcul parallèle :

  - généralités ;

  - bibliothèque OpenMP (mémoire partagée) ;

- bibliothèque MPI (mémoire distribuée) : communications, opérations de réduction, ... ;

cette partie occupera la plus grande partie de la formation ;

  - mesures de performances, scalabilité.

3) La dernière partie sera consacrée à un mini atelier, où chaque participant travaillera sur son propre code de calcul afin de le paralléliser. Par conséquent, pensez à préparer un code de calcul sur lequel vous travaillez principalement, qui s’exécute bien sur vos machines de calcul.